用秸秆栽培食用菌可使其变废为宝，是解决目前秸秆焚烧问题的又一有效途径。目前，有许多地方已经在食用菌栽培中大量使用秸秆，如栽培双孢菇和草菇等。 以栽培金针菇为例，用棉子皮栽培的与用玉米秸、麦秸、稻草、玉米芯等农作物秸秆栽培的，生物效率均为80%~100%。通过大量研究和各地的栽培试验，用农作物秸秆栽培的食用菌与用棉子皮栽培的食用菌相比，产菇量基本相同。